Inwentaryzacja zapasów jest kluczowa dla każdej firmy, która zarządza zapasami — zarówno w systemie zarządzania ciągłego, jak i okresowego. Dzięki uzgadnianiu rzeczywistego stanu zapasów z ilościami zapisanymi w bazie danych firmy mogą wprowadzać korekty do istniejących rekordów zapasów, wykrywać niestandardowe lub niedopuszczalne niezgodności, a także usprawniać zarządzanie zapasami.

Możliwe jest ręczne wprowadzenie wyników inwentaryzacji do systemu albo zaimportowanie wyników z pliku Microsoft Excel (zapisanego w formacie rozdzielanym znakami tabulacji, unicode lub MS-DOS TXT). Więcej informacji można znaleźć w częściach Ręczne wprowadzanie wyników inwentaryzacji i Importowanie wyników inwentaryzacji z programu Microsoft Excel.

Po utworzeniu dokumentu inwentaryzacji zapasów w celu zarejestrowania wyników inwentaryzacji należy zaksięgować zmiany stanu zapasów (utworzyć dokument księgowania na podstawie dokumentu inwentaryzacji zapasów), aby wprowadzić korekty w systemie.

Można także wprowadzić lub zaimportować wyniki inwentaryzacji bezpośrednio do dokumentu księgowania zapasów. Możliwe jest jednak zarejestrowanie tylko jednego zestawu wyników inwentaryzacji, które zostały ostatecznie uzyskane. Nie można zarejestrować informacji danych o poszczególnych inwentaryzujących ani wszystkich wyników inwentaryzacji przeprowadzonej przez różne osoby. Ponadto nie ma możliwości zmiany dokumentu księgowania zapasów po jego dodaniu. Z tego względu zalecane jest postępowanie zgodnie ze standardową praktyką: tworzenie najpierw dokumentu inwentaryzacji zapasów, a następnie inwentaryzowanie wyników.