W ramach księgowości rozliczenia wewnętrzne oznaczają uzgadnianie i rozliczanie transakcji dotyczących partnerów handlowych lub kont KG. W oprogramowaniu SAP Business One część procesu rozliczeń wewnętrznych odbywa się automatycznie w aplikacji, zaś część jest możliwa do zrealizowania ręcznie.

W przeważającej ilości rozliczenia wewnętrzne odbywają się automatycznie, na przykład podczas tworzenia płatności przychodzących i wychodzących połączonych z fakturami. W takim przypadku oprogramowanie SAP Business One automatycznie rozlicza płatności względem połączonych faktur. Jednak transakcje odosobnione, takie jak płatność na konto, nie mogą być rozliczane automatycznie, ponieważ oprogramowanie SAP Business One nie ma informacji, których nierozliczonych faktur dotyczy taka płatność. W związku z tym należy zdecydować, której faktury dana płatność dotyczy, i przeprowadzić rozliczenie ręcznie.

Zarówno w przypadku rozliczeń automatycznych jak i rozliczeń ręcznych oprogramowanie SAP Business One umożliwia wyświetlanie szczegółowe rozliczeń, a w razie potrzeby anulowanie w pewnych przypadkach także poprzednich rozliczeń.