כדי לייעל את השימוש ב-SAP Business One, ניתן להעתיק את פרופיל ההרשאות שהוגדר למשתמש אחד, למשתמש אחר. לדוגמה, העתקת פרופיל הרשאה מאפשרת להעניק הרשאות זהות לכל העובדים במחלקה מסוימת.

SAP Business One מצויד בכלי משוכלל להגדרת הרשאות, שניתן להתאימו לכל משתמש. במהלך שלב ההטמעה חייב מנהל המערכת לקבוע מדיניות הרשאות כדי למנוע גישה לא חוקית למסד הנתונים.

שים לב, שינויים בהיסטוריה של המשתמש ושל הגדרות ההרשאה אינם נרשמים. יש לתעד ידנית כל התאמה אישית (הגדרות תצורה של המערכת) והגדרות משתמש. שינויים אלה בפרמטרים של המערכת הם חלק ממערכת הבקרה הפנימית, ולכן יש לתעד גם אותם. התיעוד יכול להיות תדפיס פשוט של תוכן הטבלה, או תמונות מסך.

יש לנקוט אמצעי זהירות מוגדרים כדי להבטיח פיקוח על הגישה לנתונים. במודול הכרטסת, משתמשים שאין ברשותם הרשאת גישה ליומן התנועות אך יש ברשותם הרשאת גישה לתנועות יומן יכולים להשתמש בלחצני רשימות הנתונים כדי לדפדף במסד הנתונים ולעיין במסמכים. כך הם יכולים להציג תנועות, גם אם אין להם הרשאה להציג רשימות, לדוגמה ביומן המסמכים.

אפשר להגביל שינויים בשדות מסמכים על ידי הקצאת הרשאה מתאימה. הדבר אינו חל על משתמשים שהוגדרו כמשתמשים בכירים.