Účetní principy metody ocenění FIFO mohou způsobit, že stornování dokladu s artikly FIFO aktivuje zvláštní účtování: Obsahuje-li doklad artikly FIFO, jejichž sklady se liší od skladů v základních dokladech a jednotkové ceny jsou ve skladech rozdílné, nelze stornováním vrátit účet cenových odchylek a účet nákladů prodeje na původní zůstatky.