W systemie możliwe jest wykonywanie automatycznych rozliczeń wewnętrznych i zewnętrznych transakcji z różnymi kwotami. Aby umożliwić automatyczne rozliczanie z różnicami, należy najpierw zdefiniować konto różnic dla rozliczeń automatycznych. Następnie podczas wykonywania rozliczeń automatycznych należy określić maksymalną kwotę różnica, jaka będzie dozwolona.

Podczas rozliczania automatycznego system SAP Business One w pełni rozlicza pary transakcji. Jeśli zostanie znaleziona różnica i będzie ona niższa od maksymalnej kwoty różnicy albo równa tej kwocie, wówczas zostanie ona zaksięgowana na koncie różnic dla rozliczeń automatycznych.