Interné vyrovnanie, ktoré je súčasťou vedenia účtovníctva, spočíva v párovaní a vyrovnávaní transakcií pre obchodných partnerov alebo pre účty hlavnej knihy. V aplikácii SAP Business One sa časť procesu interného vyrovnania vykonáva automaticky a časť sa môže vykonať manuálne.

Väčšinou sa interné vyrovnanie uskutočňuje automaticky, napríklad pri vytváraní došlých a odoslaných platieb spojených s faktúrami. V takom prípade SAP Business One automaticky vyrovnáva platby s prepojenými faktúrami. Samostatnú transakciu, ako je napríklad akontácia, však nie je možné automaticky odsúhlasiť, pretože SAP Business One nevie, ku ktorej z otvorených faktúr sa platba vzťahuje. Preto musíte rozhodnúť, ku ktorej faktúre sa platba pričlení, a vykonať vyrovnanie manuálne.

Ako v prípade automatických systémových vyrovnaní, tak aj v prípade manuálne vykonaných vyrovnaní umožňuje SAP Business One zobraziť detaily vyrovnania a v prípade potreby zrušiť predchádzajúce vyrovnania.