A könyvelési folyamat részeként a belső egyeztetés az üzleti partnerekhez vagy főkönyvi számlákhoz tartozó tranzakciók összevetését és elszámolását jelenti. Az SAP Business One rendszer automatikusan végzi a belső egyeztetési folyamatot, és egy része hajtható végre manuálisan.

A legtöbb esetben a belső egyeztetés automatikusan zajlik, ha például számlákhoz kapcsolódó bejövő vagy kimenő fizetést hoz létre. Ebben az esetben az SAP Business One automatikusan egyezteti a fizetéseket a kapcsolódó számlákkal. A különálló tranzakciók, például az a conto fizetés nem egyeztethető automatikusan, mert az SAP Business One nem tudja, hogy a fizetés melyik nyitott számlához kapcsolódik. Ezért el kell döntenie, hogy a fizetés melyik számlára legyen alkalmazva, és manuálisan kell végrehajtania az egyeztetést.

Az SAP Business One mind a rendszer általi automatikus, mind a manuálisan végrehajtott egyeztetések esetében lehetővé teszi az egyeztetés részleteinek megjelenítését, és amennyiben szükséges, egyes esetekben a korábbi egyeztetések visszavonását is.