È possibile eseguire riconciliazioni interne ed esterne in modo automatico di transazioni con importi non identici. Per consentire riconciliazioni automatiche con differenze è necessario prima definire il conto differenze di riconciliazione automatica. Poi, quando si esegue la riconciliazione automatica, si specifica l'importo massimo della differenza che deve essere consentita.

Durante la riconciliazione automatica, SAP Business One riconcilia completamente coppie di transazioni. Se viene rilevata una differenza inferiore o uguale all'importo massimo di differenza specificato, viene registrata nel conto differenze di riconciliazione automatica.