Come parte del processo di contabilità, la riconciliazione interna riguarda l'abbinamento e il pareggio di transazioni per business partner o conti Co.Ge. In SAP Business One, parte del processo di riconciliazione interna viene effettuato automaticamente dall'applicazione e parte può essere effettuato manualmente.

Nella maggior parte dei casi, la riconciliazione interna avviene automaticamente, ad esempio quando si creano pagamenti in entrata o in uscita collegati a fatture. In questo caso SAP Business One riconcilia automaticamente i pagamenti con le fatture collegate. Tuttavia una transazione standalone, come un pagamento in acconto, non può essere riconciliata automaticamente, dal momento che SAP Business One non può sapere quali a fatture aperte corrisponde il pagamento. Pertanto è necessario decidere a quale fattura deve essere applicato il pagamento ed eseguire manualmente la riconciliazione.

Per entrambe le riconciliazioni automatiche di sistema e le riconciliazioni eseguite manualmente, SAP Business One consente di visualizzare i dettagli di riconciliazione e, se necessario, di annullare le riconciliazioni precedenti in alcuni casi.