ניתן לבצע התאמות פנימיות וחיצוניות אוטומטיות של תנועות עם סכומים לא זהים. כדי לאפשר התאמות אוטומטיות עם הפרשים, יש להגדיר תחילה חשבון הפרשים להתאמות אוטומטיות. לאחר מכן, בעת ביצוע התאמה אוטומטית, מציינים את הסכום המקסימלי המותר להפרש.

במהלך ההתאמה האוטומטית, SAP Business One מתאים באופן מלא זוגות של תנועות. במקרה שנמצא הפרש, והוא קטן או שווה לסכום ההפרש המקסימלי שציינת, הוא נרשם בחשבון ההפרשים להתאמות אוטומטיות.