Lehetősége van nem egyező összegekkel rendelkező tranzakciók belső és külső egyeztetésére is. Ha engedélyezni akarja az eltérésekkel rendelkező tranzakciók automatikus egyeztetését, először definiálnia kell az automatikus egyeztetés eltérésszámláját. Ezt követően az automatikus egyeztetés végrehajtásakor meg kell adnia, maximálisan mekkora eltérést fogadhat el a rendszer.

Az automatikus egyeztetés során az SAP Business One teljes egyeztetést végez a tranzakciópárokon. Ha olyan eltérést talál, amelynek értéke nem haladja meg a meghatározott maximális eltérést, akkor azt az automatikus egyeztetés eltérésszámlájára könyveli.