Die Funktion System-Debugging versetzt den Benutzer in die Lage, neben Anwendungs- auch Systemprogramme mit dem Debugger zu analysieren. Diese Funktion wird durch Wahl des Menüs  Einstellungen Systemdebugging ein /aus aufgerufen oder beendet. Durch Wahl des Menüs  Einstellungen Sichern wird diese Voreinstellung in der Datenbank gespeichert und damit bei jedem Neustart des Neuen Debuggers aktiviert.