Al compensar diferencias de inventario, se modifica el registro maestro de materiales y el stock total se ajusta automáticamente a la cantidad contada. Desde el punto de vista de la contabilidad, este hecho corresponde a una entrada de mercancías o una salida de mercancías, de modo que cuando se contabiliza la diferencia, la cuenta de stocks se carga o se abona.

• Si la cantidad contada es inferior al stock teórico, la cuenta de stocks se abona con el valor de la diferencia de inventario x precio. La contrapartida se realiza en la cuenta "Gastos de inventario".
• Si la cantidad contada es superior al stock teórico, se carga en la cuenta de stocks el valor de la diferencia de inventario x precio. La contrapartida se realiza en la cuenta "Ingresos de inventario".

Debido a que el importe contabilizado se calcula según el precio estándar actual o el precio medio variable, la compensación de diferencias de inventario no conlleva ninguna modificación de precios.