Se puede contabilizar el pago del cheque manualmente o utilizando el programa de pagos. El propio efecto comercial sólo se puede contabilizar manualmente.

Si el programa de pagos realiza el pago, el efecto comercial se imprime, pero no se contabiliza. El programa de pagos sólo proporciona los datos para imprimir el efecto comercial. La contabilización del efecto comercial no acostumbra a ser necesaria, dado que primero se envía al acreedor, junto con el cheque, y entonces se espera su devolución.

A continuación se presenta un ejemplo de las contabilizaciones necesarias para el pago con cheque-letra.

1. Se muestra un débito en la cuenta de acreedor y en la correspondiente cuenta asociada por un importe de 11.400 DM.
2. El programa de pagos lo paga con un cheque. Para hacerlo, contabiliza el importe en una cuenta de cheques emitidos y en la cuenta de acreedor, así como en la correspondiente cuenta asociada. En consecuencia, el débito resulta compensado.
3. Si la liberación del efecto comercial debe visualizarse en cuentas, también se debe contabilizar manualmente el importe del efecto comercial en la cuenta del acreedor. El sistema contabiliza automáticamente en la cuenta de mayor especial para débitos eventuales de cheques-letra y realiza una contrapartida en una cuenta de compensación.