Además de los costes primarios, se producen a menudo costes secundarios durante la producción de servicio de centro de coste. Esto sucede porque a menudo un centro de coste debe tomar actividad de otros centros de coste para producir su propia actividad. Los costes secundarios del centro de coste se derivan de facturaciones internas, como las facturaciones por actividades o los subrepartos.

Para conseguir comparaciones periódicas significativas entre los datos reales y planificados, debe planificar los costes secundarios y los costes primarios. Se pueden planificar costes secundarios basados en el valor (subreparto o liquidación de órdenes), o basados en la cantidad (consumo de actividad).