Un nodo se puede considerar Mega-hub si su grado es superior a un cierto umbral y por tanto tiene una contribución negativa respecto la modularidad global del gráfico y a su potencial de agrupación en clústeres. Un nodo conectado a una gran cantidad de vecinos tiende a reagrupar distintas comunidades en una de mayor, escondiendo los clústeres subyacentes reales.
Eliminar estos nodos altamente conectados puede mejorar sustancialmente el tiempo de procesamiento, y apartar nodos irrelevantes del análisis. Debido a su alto grado, estos nodos pueden crear "clústeres artificiales" en la red, haciendo más difícil la detección de comunidades, y escondiendo la estructura real del gráfico.
Estos mega-hubs se pueden hallar en las redes de telecomunicaciones (números de servicio, centros de llamadas, taxis), redes transaccionales (best sellers, los principales productos de la cola). Estos nodos tienen un gran número de enlaces, pero semánticamente son insignificantes.