Los efectos bancarios son emitidos por el programa de pagos. Éstos se redactan lo antes posibles con posterioridad a la factura. Si lo desea, puede conseguir que el programa de pagos compense las facturas pagadas con el efecto comercial o que cree primero un apunte estadístico. Véase el tema Solicitudes de aceptación de letra de cambio: Características especiales. En la cuenta de deudor, se crea una nota en los apuntes estadísticos que especifica que se ha emitido un efecto comercial. La contabilización real sólo se efectúa si el importe se ha abonado en la cuenta bancaria.

Si el programa de pagos ya ha compensado las facturas, anota el número de documento de efecto comercial en las partidas individuales de factura. Esto le permite determinar con qué efectos comerciales se han compensado las facturas. Si se permite protestar un efecto, se puede cancelar el pago mediante efecto y contabilizar un nuevo crédito al deudor para cada factura correspondiente.